Przypuszcza się, że osada zwana dziś Żegociną została założona przez Wierzbiętę jeszcze w czasach Bolesława Krzywoustego (I poł. XII wieku). Wg Szczęsnego Morawskiego książę Bolesław Wstydliwy nadał rycerzowi Żegocie - herbu Topór osadę Villa Żegota. Pod koniec XIII w. właścicielem wsi był Zbigniew Żegota - dziedzic sąsiedniej Łąkty Starej, który w roku 1293 ufundował w Żegocinie kościół, co zapewne wiązało się z lokowaniem wsi na prawie niemieckim.
     Spadkobiercą Żegoty był Zawisza. Kolejnymi właścicielami wsi byli Otfinowscy. Około 1650 r. właścicielem wsi był arianin Jan Chłopicki. Potem Żegocinę i okoliczne wsie wykupili Lubomirscy z Wiśnicza i przekazali je w użytkowanie dzierżawcom. Po 1772 r. teren ten znalazł się pod zaborem austriackim. Rok 1846 przeszedł tu bez rozlewu krwi, choć dwory w Rozdzielu i Łąkcie Górnej zostały splądrowane.
     Krwawe żniwo zebrała tu natomiast I wojna światowa, bowiem w grudniu 1914 r. rozegrała się w tych okolicach krwawa bitwa (operacja limanowsko - łapanowska) zakończona zwycięstwem wojsk austriacko-pruskich.
     Po odzyskaniu niepodległości Żegocina znalazła się w powiecie bocheńskim. Prężnie działał tu ruch ludowy. W latach 30-tych Żegocina stała się modną wsią letniskową. Do zbudowanego przez właściciela okolicznych lasów Samuela Rosenbluma domu letniskowego "Leśniczówka" przybywało wiele rodzin żydowskich.
     5 września 1939 r. na teren gminy wkroczyli hitlerowcy. Ludność przeciwstawiła się okupantowi walcząc w szeregach Batalionów Chłopskich i Armii Krajowej. Latem 1944 r. odbył się na żegocińskim cmentarzu manifestacyjny pogrzeb zestrzelonego nad Łąktą Górną lotnika RAF-u Stefana Bohanesa, który wracał do bazy znad powstańczej Warszawy. W styczniu 1945 r. Żegocina została wyzwolona bez walki przez wojska radzieckie. Po wojnie znalazła się w obrębie gminy Trzciana. W 1956 roku Żegocina stała się siedzibą Gromadzkiej Rady Narodowej, a w 1973 r. tu znalazła się siedziba władz gminy Trzciana - Żegocina przemianowanej następnie na gminę Żegocina.
     Po II wojnie św. zaszły tu olbrzymie zmiany. Przeprowadzono elektryfikację, utwardzono nawierzchnię dróg, wybudowano wiele obiektów użyteczności publicznej. Wybudowano wodociąg i gazociąg a w ostatnich latach oczyszczalnię ścieków. W latach 70-tych gmina przeżywała boom gospodarczy i była jedyną w województwie gminą samowystarczalną finansowo. Była wyróżniona nagrodą "Gmina - Mistrz Gospodarności".  Gmina troszczy się o rozwój oświaty i dlatego w 1993 roku utworzono tu Liceum Ogólnokształcące i Zasadniczą Szkołę Zawodową.
    Z dniem 1 stycznia 1995 roku nastąpił podział gminy. Trzciana, Kamionna, Leszczyna, Rdzawa, Kierlikówka i Łąkta Dolna odłączyły się od Żegociny i utworzyły własną gminę, a siedzibą władz nowej gminy stała się Trzciana.
     W 1996 r. Żegocina przyjęła do realizacji dokument programowy "Strategia rozwoju Żegociny", który określa rozwój agroturystyki, uprawy owoców miękkich i rzemiosła jako główne kierunki rozwoju gminy. W tym samym roku zostało utworzone przez mieszkańców Stowarzyszenie Rozwoju Gminy i Wspierania Przedsiębiorczości, które w krótkim okresie czasu utworzyło Ośrodek Wspierania Przedsiębiorczości, a także Fundusz Pożyczek Wzajemnych.
     Żegocina nawiązała współpracę z węgierską gminą Jásaroksállász, z którą w dniu 6 lipca 1997 r. zostało zawarte porozumienie o współpracy. Efektem tej współpracy jest wymiana grup młodzieżowych.
     9 lipca 1997 roku nawiedziła gminę i okolice katastrofalna powódź, która dokonała olbrzymich zniszczeń w wielu gospodarstwach oraz infrastrukturze technicznej: drogach, mostach, ujęciach wody, oczyszczalni ścieków. Zaradni mieszkańcy szybko odbudowali zniszczone obiekty, także dzięki pomocy wielu instytucji i organizacji.
     W tym samym roku, w ogólnopolskim konkursie "Gmina jakich mało", zorganizowanym przez Fundację Rozwoju Demokracji Lokalnej, Żegocina zdobyła za realizacje programu powszechnej edukacji jedną z trzech równorzędnych nagród głównych.
     W 1999 roku oddawano w Żegocinie do użytku nowy ośrodek zdrowia, a w Łąkcie Górnej nowoczesną halę sportową wraz z zapleczem. Zakończyła się też realizacja projektu "Podgórski Obszar Agroturystyczny "U Żegoty" współfinansowanego przez Unię Europejską, gminę i prywatnych inwestorów, w wyniku zakończono budowę tzw. Domu Kultury w Żegocinie, zmodernizowano kilka gospodarstw agroturystycznych oraz restaurację "Pod Patrią", przemianowaną na "Karczmę u Żegoty".
     Na początku 2003 roku zmarł niespodziewanie wieloletni proboszcz żegocińskiej parafii ks. prałat Antoni Poręba, który wielce dla rozwoju gminy się zasłużył. Zrealizowano finansowany z zewnętrznych źródeł program "Centra" - modernizacja centrum Żegociny oraz oraz budowa parku w Żegocinie. Rozbudowano budynek szkolny w Żegocinie oraz dobudowano jedno piętro. Rozpoczęto budowę sali gimnastycznej w Rozdzielu oraz rozbudowę szkoły w Bytomsku. W roku 2004 - dzięki środkom uzyskanym przez gminę z Programu Unii Europejskiej SAPARD - zrealizowano kilka dużych inwestycji: np. budowa wodociągu w Łąkcie Górnej, modernizacja sieci wodociągowej w Żegocinie, rozbudowa sieci kanalizacyjnej.